Новый состав попечительского совета РНФ, возглавляемого помощником президента Андреем Фурсенко, будет функционировать следующие пять лет. Новыми членами совета, помимо ректора Университета ИТМО Владимира Васильева,  стали научный руководитель Специальной астрофизической обсерватории Юрий Балега, депутаты Николай Говорин и Михаил Емельянов, президент Национального медицинского исследовательского центра эндокринологии Иван Дедов, президент Института мировой экономики и международных отношений РАН Александр Дынкин, министр науки и высшего образования Михаил Котюков, ректор Российского национального исследовательского медицинского университета имени Н.И. Пирогова Сергей Лукьянов, директор Института археологии РАН Николай Макаров и сенатор Виктор Смирнов. Полный список участников попечительского совета опубликован на сайте.

Фонд поддержки отечественной фундаментальной науки был создан по инициативе президента России в ноябре 2013 года, его деятельность регулируется отдельным федеральным законом. Попечительский совет РНФ определяет принципы конкурсных отборов программ и проектов, которые будут поддерживаться фондом, утверждает членов экспертных советов, а также выполняет другие регулирующий деятельность РНФ функции.

Годовые отчеты о работе фонда представляется президенту и в правительство России.