В начале августа в Москве состоялась юбилейная, десятая по счету, Московская конференция по вычислительной молекулярной биологии (MCCMB). Она проводится раз в два года и является одной из самых авторитетных российских площадок для представления биоинформатических исследований. В этом году мероприятие проходило в смешанном формате — как онлайн, так и офлайн.

Ученые Университета ИТМО представили около десятка исследований по разным тематикам, многие из которых созданы в международной коллаборации. Мы попросили авторов докладов рассказать об их работе.

Екатерина Носкова

научная сотрудница Лаборатории компьютерных технологий Университета ИТМО

На конференции MCCMB у меня был постер и небольшой доклад. Постер был посвящен новой версии моей программы GADMA. Это программа для поиска истории эволюции популяций по генетической информации особей. На вход GADMA принимает геномы и возвращает историю, которая включает в себя такие события, как изменение размера популяций, разделение, миграция и тому подобное. В этом году мы расширили возможности GADMA, например, усовершенствовали алгоритм поиска. Постер был посвящен этим улучшениям.

Его хорошо приняли, на постерной сессии я пообщалась с довольно большим количеством людей — как онлайн, так и офлайн. Мне задавали вопросы и про примененные методы, и про то, как можно применить программу на своих данных. Я также снова увиделась с людьми, с которыми познакомилась на этой же конференции два года назад и которые тогда видели мой постер про самую первую версию программы.

В последний день конференции у меня был доклад на сессии System Biology, где я рассказывала про свой проект. Он стал призером System Biology Fellowship в этом году. Проект связан с дальнейшим развитием GADMA, он только начинается, поэтому я рассказала о текущих результатах и дальнейших планах.

Конференция прошла для меня очень продуктивно. Я познакомилась с несколькими людьми, которые также работают в области популяционной генетики, обсудила с ними наши проекты и обменялась контактами для дальнейшего сотрудничества.

Владимир Сухов

аспирант факультета информационных технологий и программирования Университета ИТМО

На конференции MCCMB-2021 мы впервые представили метод для проведения анализа совместного регулирования наборов генов — Gene Set Co-Regulation Analysis (GESECA). Он позволяет определять, имеет ли некоторый набор генов «неслучайное» совместное регулирование внутри данных экспрессии генов определенного биологического эксперимента. При этом алгоритмы, которые лежат в основе метода, позволяют применять его для одновременного тестирования огромных публичных коллекций матриц экспрессий. Все полученные результаты были оформлены и представлены в виде постера.

Во время постерной сессии ко мне подошло некоторое количество людей, которые были крайне заинтересованы в наших методах и подходах. Большинство из них отметили, что хотели бы применить наши идеи на практике.

Как я уже сказал, это выступление стало первым, где мы продемонстрировали разработанный нами метод. Значимость его представления на конференции MCCMB крайне высока. Конференция позволила продемонстрировать ключевые особенности и преимущества нашего подхода для широкой аудитории и найти потенциальных пользователей.

Антон Замятин

научный сотрудник научно-образовательного центра геномного разнообразия Университета ИТМО

Я ездил на конференцию с постером по нашей с Никитой Алексеевым большой коллаборативной работе по сборке геномов малярийных комаров. Название постера: «Assembling genomes on chromosome-level leading by the example of two malaria vector genomes». Тема геномных сборок не была широко представлена на MCCMB-2021. Несмотря на это, конференция охватывала почти все разделы вычислительной биологии, прозвучало множество интересных докладов по смежным и не очень темам.

Главным событием для меня была встреча с одним из руководителей наших проектов, с которым мы коллаборируем с 2018 года, Игорем Валентиновичем Шараховым. Игорь Валентинович — русский доктор биологических наук, у которого своя лаборатория в Политехническом Университете Вирджинии. Так получилось, что это была наша первая встреча вживую. Будучи не ограниченными временными рамками рабочих интернет-конференций, мы обсудили достаточно много вопросов о наших проектах и общие научные темы.

Карина Пац

аспирантка факультета информационных технологий и программирования Университета ИТМО

На конференции MCCMB я представляла постер по проекту, который связан с разработкой набора структурных дескрипторов для изучения поведения рецептора витамина D. Над этим проектом я работаю в коллаборации с профессором Фердинандом Молнаром из Назарбаев Университета (Казахстан). Также я ездила на стажировку по программе Erasmus+ в Университет Лотарингии (Франция), где выполняла часть этого проекта, связанную с анализом данных и машинным обучением.

В ходе онлайн- и офлайн-дискуссии удалось обсудить некоторые перспективы развития проекта и дополнительные методы, которые могут помочь в анализе полученных данных. На конференции я познакомилась с новыми людьми, обменялась контактами, а также встретилась с теми, с кем была знакома только заочно, что было особенно приятно.

Также на конференции было представлено несколько докладов, в которых были рассмотрены различные инструменты, связанные с анализом структурных данных, что будет очень полезно в моей дальнейшей работе.