Карина, расскажите, почему решили отправиться именно в Университет Лотарингии — там какая-то сильная школа?
У нас в ИТМО действует программа международного обмена по гранту Erasmus+ с университетом Лотарингии. Осенью, в начале учебного года, проводился отбор кандидатов на эту программу: были как готовые предложения стажировок, так и возможность податься с темой своего проекта. Я выбрала последний вариант, прошла ряд собеседований с научными руководителями и отборочным комитетом и в итоге выиграла этот грант.
Изначально, когда я только записалась на информационную встречу по подаче на грант, у меня был небольшой скепсис — я вообще не знала, что в Университете Лотарингии таким занимаются. Потому что структурная биоинформатика в принципе далеко не самая популярная область, скажем так. Выяснилось, что здесь есть лаборатория LORIA, в которой работает исследовательская группа по биоинформатике — меня это очень сильно удивило.
Формально лаборатория относится к Университету Лотарингии, но поддерживается двумя важными государственными организациями: Национальным центром научных исследований (CNRS) и Государственным институтом исследований в информатике и автоматике (INRIA). Так что здесь действительно работают высококвалифицированные специалисты с большой экспертизой.
То есть для вас такая стажировка — это прежде всего нетворкинг?
Я на это очень рассчитываю. Моей работой руководят две приятные женщины, с которыми мне очень комфортно общаться. Одна из них — заведующая группой Capsid Loria, в которой я прохожу стажировку. Здесь работают очень интересные люди, и самое приятное, что им интересен мой проект, они заинтересованы в том, чтобы мне помогать. Мне бы хотелось, чтобы это дальше переросло в какие-то более постоянные связи и коллаборации. Вообще, мне очень повезло оказаться здесь, потому что я действительно многому могу научиться.
А над каким проектом вы работаете сейчас? Что у вас должно получиться по итогу стажировки?
Идея в том, чтобы создать алгоритм, который позволит предсказывать поведение ядерных рецепторов без использования молекулярных симуляций, потому что они обычно довольно-таки время- и ресурсозатратные. Я работаю над методами, которые помогли бы автоматизировать этот процесс. Возможно, потом он может перерасти в более крупную вещь, которой будут пользоваться другие люди.
На самом деле проект появился из внутренних потребностей в таком инструменте, который мы сами бы могли использовать в работе нашей лаборатории в Назарбаев Университете. У нас есть определенные задачи, для решения которых мы используем компьютерное моделирование и симуляции. В итоге у нас получается большое количество комбинаций, которые приходится отсматривать и оценивать вручную. Это очень сложный и утомительный процесс.
То, что я сейчас делаю, находится в зачаточной версии. В ИТМО у меня есть множество других проектов — на эту разработку получалось выделять совсем мало времени. Сейчас у меня как раз есть возможность полностью погрузиться в этот проект — меня это очень радует.
Стажировка — это, скорее, лишь этап в разработке проекта. Она длится всего четыре месяца, в июне я уже вернусь обратно. Срок совсем небольшой, поэтому я для себя поставила цель сделать за это время рабочий прототип алгоритма.
Насколько вы уже продвинулись в этой работе?
Пока что я мало что успела, ведь я здесь всего лишь месяц. Единственное, что я успела понять, как много побочных задач мне придется решить на пути к конечному результату. До этой стажировки у меня было представление о некоторых проблемах, которые предстоит решать, но истинное количество подводных камней открылось только после того, как я погрузилась в работу. Например, что существует не так много доступных данных для тренировки алгоритма.
То есть идея интересная, но есть ощущение, что в процессе придется решить еще целый набор дополнительных научных задач, ответить на множество дискуссионных вопросов.
А во французской лаборатории нет каких-то наработок, которыми с вами могли бы поделиться?
Все группы лаборатории так или иначе занимаются разработкой собственных алгоритмов. У них есть набор своих программ, которые могут работать с неполными трехмерными структурами белка, восстанавливать и дополнять их. Есть программы, умеющие рассчитывать объем активного сайта внутри белка, который связывается с терапевтическими молекулами. Но со всеми их проектами я еще не успела подробно ознакомиться.
Как вообще устроена ваша стажировка? Вы имеете возможность посещать лабораторию, здание университета, или сейчас все закрыто?
Сейчас вся работа полностью ведется онлайн. Я работаю из дома на своем ноутбуке, могу пользоваться ресурсами местных серверов. Все семинары также проходят онлайн. Но у нас есть личные встречи, которые проходят раз в неделю — на них мы отчитываемся о проделанной работе. Но для меня это живое общение в группе очень важно. При этом, насколько я знаю, те, кто занимается экспериментами, могут свободно посещать лаборатории. Просто у нас нет такой необходимости.
Как вообще обстановка в городе? Вам удается хоть немного насладиться заграничной поездкой?
Во-первых, тут действует комендантский час: с шести вечера до шести утра. Закрыты крупные торговые центры, кафе и рестораны работают только на вынос. По сути, пойти особо некуда. Городок в принципе маленький, особенно по сравнению с Петербургом.
Конечно, я думаю, что все могло бы быть по-другому. Но скучать мне вообще некогда, у меня очень большая загруженность, очень много всего нужно делать, изучать много новых для себя вещей. Плюс, во Франции существует очень много всяких бюрократических процедур для приезжих, куча оформлений и регистраций — я за месяц даже не успела все сделать. Так что пока есть, чем заняться.
Пока что все очень неопределенно. В том регионе, где нахожусь я, полного локдауна пока нет, и кажется, не будет, но постоянно обсуждаются разные новые меры. Но я надеюсь, что ближе к лету все станет лучше, и можно будет немного попутешествовать.
А проблем с пересечением границы не возникло?
На самом деле до самого последнего момента было непонятно, смогу ли я уехать, постоянно все менялось. Было достаточно напряженно. О том, что я все-таки поеду, я узнала чуть ли не за неделю до вылета.
Туристов во Францию не пускают до сих пор, но у меня была студенческая виза. На границе нужно предъявлять целую пачку документов, тесты, но у меня посмотрели только пометку в визе, что я студент, и без проблем меня пустили.
