В Университете ИТМО с 2007 года приняты и реализуются принципы менеджмента качества образовательной деятельности в соответствии с требованиями и рекомендациями международных стандартов ISO серии 9000. Внедрение и постоянное улучшение в вузе системы менеджмента качества, соответствующей требованиям стандарта ГОСТ Р ИСО 9001, позволяет демонстрировать способность университета всегда поставлять продукцию и услуги, отвечающие требованиям потребителей, и повышать удовлетворенность потребителей при соблюдении законодательных норм и обеспечении баланса интересов других заинтересованных сторон.
Система менеджмента качества (СМК) Университета ИТМО в области образовательной деятельности сертифицирована с февраля 2007 года, затем ресертифицирована в 2010 и 2013 годах на соответствие требованиям ГОСТ ISO 9001−2011 (ISO 9001:2008). В сентябре 2016 года независимыми экспертами органа по сертификации систем менеджмента качества ООО «ТЕСТ-С.-Петербург» было еще раз подтверждено соответствие СМК образовательной деятельности Университета требованиям международного стандарта ГОСТ Р ИСО 9001−2015 (ISO 9001:2015).
Система менеджмента качества образовательной деятельности Университета ИТМО сертифицирована применительно к осуществлению образовательной деятельности по образовательным программам высшего образования (бакалавриат, специалитет, магистратура) и среднего профессионального образования. Выданы сертификаты соответствия международного образца.