Первое образование Оксана получила в Институте физики, нанотехнологий и телекоммуникаций Санкт-Петербургского политехнического университета Петра Великого. Но заниматься физической и биомедицинской электроникой со временем стало неинтересно — увлекла биология. Уже на третьем курсе она попала в Национальный Медицинский Исследовательский Центр им. В. А. Алмазова, где до сих пор занимается молекулярной биологией.

В этом году вы стали одним из лучших выпускников в номинации «Гармоническая личность». Как вы считаете, почему вас номинировали?

Я узнала об этом конкурсе в тот момент, когда уже заканчивала работать над своей выпускной квалификационной работой. У меня уже было несколько публикаций в научных журналах, много тезисов — ведь моя научная карьера продолжается уже четыре года. Также за время учебы в магистратуре мне удалось поучаствовать в различных мероприятиях: зимних и летних школах, конференциях. Собственно, эти статьи, тезисы, конференции, видимо, дали мне преимущество в конкурсе.

Расскажите, как вы попали на программу по биоинформатике, чем она вас заинтересовала?

Я училась в бакалавриате Политехнического университета на специализации «Медицинская техника» — в основном там был упор на физику. Я планировала использовать эти знания для создания новой медицинской и биологической техники, каких-то прорывных вещей. Однако там я не нашла достаточно практики для себя, мне пришлось искать ее самой — и я нашла ее в биологической лаборатории Центра Алмазова.

К тому моменту, когда я заканчивала бакалавриат, уже решила, что хочу заниматься биологией, а не физикой, и магистратуру выбирала соответствующую. Тогда я еще не знала, что открылась новая программа по биоинформатике в ИТМО и рассматривала разные направления в области биологического образования. Но об Университете ИТМО я была наслышана — там учились мои знакомые, он был у меня на хорошем счету. И когда я узнала, что об этой программе, то сразу подала заявку — для меня симбиоз биологии и математики был идеальным вариантом.

Вы ведь к тому времени уже работали в Центре Алмазова, как там отнеслись к вашему решению поступить в магистратуру?

Крайне положительно. Биоинформатика — это бурно развивающееся направление, но при этом в России применения ему пока что меньше, чем хотелось бы. В частности, как раз в Центре Алмазова методам биоинформатики уделяют огромное внимание — поэтому там заинтересованы получить в штат квалифицированных сотрудников, которые бы способствовали увеличению эффективности проведения исследований.

Национальный Медицинский Исследовательский Центр им. В. А. Алмазова

Расскажите поподробнее, чем конкретно вы занимаетесь на работе?

Мы занимаемся исследованиями регенерации скелетной мускулатуры и патологическими механизмами ее деградации. Изучаем влияние, например, сердечной недостаточности на общий метаболический профиль и мышцы человека, влияние специфических мутаций на скелетную мускулатуру — у нас несколько параллельных проектов.

Я начинала работать с, что называется, «мокрой биологией»: вела клеточные культуры, проводила молекулярно-биологические эксперименты. Когда я поступила в ИТМО на программу по биоинформатике, я начала уходить в область обработки данных секвенирования на компьютере. Сейчас я уже год лично не ставила никаких экспериментов.

Как вам удавалось совмещать такую серьезную работу с учебой и участием в конференциях?

Каждый раз, оглядываясь назад, я и сама удивляюсь, как мне хватило времени и мотивации на все. Потому что участие и в конференциях, и в школах — это еще и сложный процесс подачи, сбора документов, получения финансирования на поездку.

Приходилось расставлять приоритеты. Когда я поступала, точно понимала, что хочу этим заниматься, что у меня в приоритете будет не работа, а именно учеба. Так как в Центре Алмазова поощряли, чтобы я училась, то мне удавалось все успевать. Учеба в магистратуре все-таки занимает не так много времени — занятия проходят примерно три раза в неделю. За счет выходных и свободных дней я успевала и учиться, и работать, и публиковаться.

Оксана Иванова на конференции в Афинах. Фото из личного архива

Какие конференции вам запомнились больше остальных?

Самая яркая и запоминающаяся конференция была в Афинах в мае 2019 года. Это была конференция международного уровня, организованная Европейским кардиологическим обществом, посвященная сердечной недостаточности. Я туда поехала с постерным докладом на тему нашего совместного исследования Центра Алмазова и ИТМО — анализ данных секвенирования биопсии мышц пациентов с сердечной недостаточностью до и после физических тренировок.

Это моя первая международная конференция и пока что, к сожалению, единственная, в этом году никуда поехать не получилось. От конференции я была в полном восторге и очень продуктивно провела время, несмотря на то, что поехала туда совсем одна и никого там не знала.

Из ярких впечатлений еще можно вспомнить зимнюю школу «Future Biotech» в Новосибирске, на которую я ездила в этом году. Она была посвящена исследованию геномов растений, животных, бактерий, людей. Мне очень понравилась школа: хоть я и не выступала там с докладом, но познакомилась с огромным количеством интересных людей и прониклась идеей коммерциализации биотехнологических проектов. Это было для меня что-то новое.

Оксана Иванова на зимней школе «Future Biotech». Фото из личного архива

Расскажите, что вы изучали в магистратуре?

Я очень довольна тем, что было много прикладных предметов — каждый из них подразумевал выполнение каких-то реальных задач. У нас были предметы по статистике, разработке программного обеспечения, дискретной математике, биотехнологиям, системной биологии. Также был Journal Club: мы изучали свежие научные статьи и пытались воспроизвести результаты. Это само по себе являлось очень интересной задачей, потому что открывало такие вопросы, как доступ к данным и способы их обработки, воспроизводимость исследований.

У нас были очень крутые приглашенные преподаватели из разных стран. Мне особенно запомнились семинары от Максима Артемова из Университета Вашингтона в Сент-Луисе. А еще набор проектов, подготовленный Майком Райко, например, по нахождению по митохондриальной ДНК общего предка (так называемой «митохондриальной Евы»), по обнаружению мутаций, которые привели к развитию патогенности кишечной палочки.

Алексей Сергушичев, руководитель нашей программы, всячески нам помогал с практиками, проектами, курсовыми работами — за что ему просто огромное спасибо.

А у вас до этого был какой-то опыт программирования?

У меня был определенный бэкграунд, но я никогда не была профессиональным программистом. Я знала синтаксис многих различных языков программирования: Pascal, Fortran, C, C++, Python, но никогда не переходила на какой-то уровень выше, потому что мне это просто не было нужно.

Оксана Иванова на IV Национальном конгрессе по регенеративной медицине. Фото из личного архива

Чему была посвящена ваша магистерская работа?

Моя магистерская работа была выполнена в Центре Алмазова, мне с ней помогали Рената Дмитриева и Алексей Сергушичев. Мы исследовали влияние мутаций в определенном гене на дифференцировку стволовых клеток мышечной ткани.

Есть ген, который продуцирует определенный белок ― ламин. Он является частью оболочки клеточного ядра, то есть находится практически во всех клетках млекопитающих. Интересно, что мутации в этом гене приводят почему-то именно к кардиомиопатиям, то есть заболеваниям сердца, и к деградации скелетной мускулатуры. Было непонятно, какие именно молекулярные механизмы задействованы в данном патогенезе, и почему именно такая тканеспецифичность.

Мы пытались посмотреть влияние этой мутации на клеточную линии стволовых клеток мышечной ткани. С помощью вирусных конструкций мы вставляли мутантный ген в клетки, заставляли их дифференцироваться в мышечную ткань и смотрели, что нарушается по ходу этой дифференцировки. Я использовала биоинформатический метод под названием «анализ данных РНК-секвенирования» для изучения экспрессии генов. В итоге мы обнаружили те молекулярные пути, которые подверглись изменениям.

Планируете ли вы продолжать это исследование?

Да, в аспирантуре планирую продолжить изучение этой темы, подключить новые методы молекулярной биологии, анализа данных — и дойти до истины.

В ИТМО я научилась многому, что поможет мне в проведении качественных исследований. Однако, даже выпустившись из магистратуры, мне все еще кажется, что предстоит освоить большое количество методов. Я собираюсь продолжить изучение биологии и биоинформатики, попытаться расширить возможности применения биоинформатических методов в нашей лаборатории в Центре Алмазова. Я точно знаю, что здесь, в России, в моем центре, еще есть над чем работать.

Возможно, когда границы откроются, я бы с удовольствием поучаствовала в совместных международных проектах. В моих планах — постажироваться и посотрудничать с зарубежными лабораториями, научиться чему-то новому или научить самой.

Оксана Иванова в Институте биоинформатики. Фото из личного архива

Рассматриваете ли вы какие-то новые для себя направления исследований?

Мне интересно продолжить свой проект, рассматривая его более глубоко. Интересно изучение организации хроматина в ядре, регуляторных областей в нашем геноме, связи и сорегуляции различных генов и областей ДНК.

Если совсем отвлеченно, то мне интересна тема старения. И те мутации, что мы изучаем, на самом деле с этой темой связаны. Так, существует мутация в этом гене, которая приводит к болезни — прогерии или синдрому Хатчинсона — Гилфорда. Его еще называют синдромом преждевременного старения. В среднем пациенты с этой мутацией живут 13 лет, и уже у совсем маленьких детей наблюдаются все признаки старения органов, тканей, кожи, мышц.

Три миллиарда пар нуклеотидов кодируют весь наш организм. И одна точечная мутация в одной из этих пар приводит к тому, что стареет все тело — и никто не понимает, почему. Мне было бы очень интересно в этом разобраться.

Перейти к содержанию